鄂尔多斯市妇幼保健院是集保健与临床于一体的全市妇幼保健技术指导中心，承担着对全市各级妇幼保健机构的业务指导、培训、临床进修等妇幼保健技术指导工作。
鄂尔多斯市妇幼保健院内设科室有：妇女保健科、儿童保健科、内科、儿科、妇产科、中西医结合科、皮肤科、检验科及药房、办公室、总务科。 近年来，该院不断引进先进技术设备，如心电图、B超、X光机、儿童营养监测仪、儿童多功能弱视、斜视治疗仪、同视机、冷强光乳腺检查透照仪、妇科波姆治疗仪、新生儿光疗仪、儿童龋齿防治仪、多普勒胎心监护仪、离子雾化器等医疗保健设备。
鄂尔多斯市妇幼保健院妇女保健科以已婚妇女为主要服务对象，进行妇女病的预防与治疗，尤其开展阴道脱落细胞的检查，对妇科肿瘤的早期诊断、早期治疗有重要意义。同时，该院对准备结婚的青年男女进行体格检查，对孕产妇实行系列保健服务。
儿童保健科以儿童系列保健为主要服务内容，对0-6岁儿童的生长发育进行跟踪服务、营养监测、体格检查。对生长发育不良者及时投药防治，纠正不良喂养方法，同时开展优生优育咨询。 妇产科配备母婴同室病房，24小时服务，可医治内儿妇产科各种常见病与多发病，开展多种妇产科手术。 同时，我院皮肤科以聘用方式，聘请外地医师进行疑难皮肤病的治疗。